A gyűjtemény kezelője 2017-től: Solymosné László Ildikó
A porta után jobbra fordulva, a Bemutatóház előtt terül el a növényrendszertani gyüjtemény, jelenleg 30 ágyásban, 44 növénycsalád kb. 350 faja tartozik ide.
Tudjuk, hogy az emberiség már régóta szerette csoportosítani, kategóriákba sorolni a körülötte lévő világot. Erős belső késztetés hajtotta, hogy a hasonlóságok vagy különbségek alapján csoportokat állítson fel, és esetleg rokonságokat kutasson. A növényrendszertan ennek ékes példája.
A növényrendszertani vagy szisztematikai gyűjtemény a zárvatermő növények változatosságát és sokféleségét hivatott bemutatni, így a legnagyobb, legjelentősebb növénycsaládok képviselői kerültek az ágyásokba, hogy jellegzetes megjelenésüket, leveleiket, virágaikat, virágzatukat, terméseiket meg lehessen figyelni. Nagyobb ágyásaink: a fészkesvirágzatúak (Asteraceae), ernyősvirágzatúak (Apiaceae), lágyszárú rózsafélék (Rosaceae), boglárkafélék (Ranunculaceae), liliomfélék és rokonaik (Liliaceae, Asparagaceae), perjefélék, füvek (Poaceae), hogy csak párat említsünk. Az orchideák családja (Orchidaceae), bár jelenlegi tudásunk szerint a második legnépesebb növénycsalád a Földön a maga kb. 28.000 fajával, nem kapott itt ágyást a rendszertani részben, hiszen legtöbb képviselőjük a trópusokon él, így ők az üvegházakban találhatók.
Mostani megjelenését a növényrendszertani rész a 2010-es felújitás után nyerte el, amikor a ma is látható ágyások ki lettek alakítva az akkor legfrissebbnek tartott APG III (Angiosperm Phylogeny Group) osztályozási rendszere szerint (Podani János akadémikus kiváló munkáiból). A felújítások és 1953 között a Soó Rezső féle rendszer alapján voltak beosztva az ágyások egy sokkal nagyobb területen mint ma, az Illés u. mentén is végighúzódva. Ennek előtte 1928-tól, Tuzson János igazgatósága alatt az Engler rendszer szerint lettek rendezve a szabadföldi kultúrák, megint korábban 1865 környékéről Linzbauer Ferenc igazgatósága alatt az Endlicher-Unger rendszer volt bevezetve, míg előtte Linné rendszerét alkalmazta már az elejétől fogva Winterl Jakab és Kitaibel Pál, az első két igazgatója a kertnek. Mint látható, a Füvészkert is, mint általában a botanikus kertek, mindig is igyekezett a botanika tudomány legújjabb nézeteit alkalmazni és bemutatni.