A magcsere felelőse 2017-től: Solymosné László Ildikó. A Felelős feladata a maggyűjtés, a begyűjtött magok tisztítása, listázása, rendszerezése, a katalógus összesítése és végül a magcsere lebonyolítása.
A magcsere egy kölcsönös és önkéntes csereprogram a világ botanikus kertjei között, ami abból áll, hogy (jó esetben) minden évben a botanikus kertek kiadnak egy magkatalógust a friss magjaikból, amiből azután a többi kert válogathat és kérhet, és a készlet erejéig a küldő kert kipostázza a kért magokat. Ez természetesen egy kölcsönösen működő folyamat, a küldő kert is kér és kap más kertektől magokat, mindenki jól jár vele. Ezzel a botanikus kertek bővíteni tudják fajkészletüket, új fajokat tudnak beszerezni, akár egzotikusabb helyekről, jó élőhelyekről is, ahonnan az élőnövény-beszerzés nehézkes vagy megoldhatatlan lenne.
A Füvészkert jelenleg kb. 350 botanikus kerttel áll magcsere-kapcsolatban. A legfrissebb a 2019-es katalógusunk (Delectus seminum), amely tartalmazza a 2016 – 2019- es évek között gyűjtött magokat, szám szerint 1381 növényfajét. Ezek között vannak a Füvészkertben gyűjtöttek, és vannak a spontán (vadon élő) növényzetből származók, Magyarország területéről és külföldről egyaránt.
Akárcsak a többi régi európai botanikus kertnek, a Füvészkertnek is fontos volt már az elejétől fogva bekapcsolódni a magcserébe. Az első magcsereként is felfogható katalógus (Index horti botanici universitatis Hungaricae) 1788-ban jelent meg Winterl Jakabhoz, az első igazgatóhoz köthetően, és 1656 faj felsorolását tartalmazta, kibővitve új fajok leírásával és 26 rézmetszettel illusztrálva. Azóta a Füvészkert mindig igyekezett résztvenni a magcserében, és bár voltak nehéz évek, háborús idők, amikor hanyatlott, ezek elteltével a Kert visszatért az évenkénti új katalógus kiadásához.
